Шесть трехместных гидросамолетов Ar 95А-0 оснастили звездообразным мотором BMW 132Dc мощностью 880 л. с. (656 кВт) и трехлопастным винтом изменяемого шага Hamilton Standard. Оборонительное вооружение — фиксированный стреляющий вперед 7,92-мм пулемет MG 17 с боезапасом 500 патронов, и 7,92-мм пулемет MG 15 на подвижной установке в задней кабине с восемью дисками по 75 патронов.

В 1938 году все шесть предсерийных гидросамолетов Ar 95А-0 поставили легиону «Condor» в 64-ю группу в Полленса, Майорка, для разведки и борьбы с судоходством. В апреле 1939 года ее расформировали, а три самолета Ar 95А-0 передали франкистам. Они прослужили в Испании до 1948 года.
Ограниченное производство двухместной версии Ar 95А-1 началось в 1938 году.

Чили заказала три таких гидросамолета вместе с тремя Ar 95В с колесным шасси. Этот заказ выполнили в 1939 году. Дополнительную партию машин Ar 95А-1 поставили в 1939—1940 годах Люфтваффе: восемь самолетов поступили в 3-ю эскадрилью 125-й авиагруппы морской разведки (З./SAGr 125), а две другие ее эскадрильи получили Не 60 и Не 114, соответственно. Когда 22 июня 1941 года Германия напала на Советский Союз, бипланы Ar 95А-1 из 3-й эскадрильи 125-й группы действовали на Балтике в составе авиационного командования «Ostsee» («Балтика»).

По мере развития наступления данная часть перебазировалась в Латвию и Эстонию, а в октябре 1941 года участвовала в высадке на Моонзундских островах (острова Моон и Даго). Позднее часть ненадолго передали Финляндии. В конце 1941 года часть перевели в Констанцу, Румыния, заменив ее бипланы Ar 95А-1 на летающие лодки Blohm und Voss BV 138. Впоследствии Ar 95А-1 включили в состав 127-й авиагруппы морской разведки, все три эскадрильи которой, вооруженные гидросамолетами Не 60 и Arado, действовали в Финском заливе в составе 1-го Воздушного флота.