Viggen в варианте истребителя-перехватчика JA 37 способен нести до шести УР класса «воздух—воздух». В исходном варианте стандартными ракетами являлись УР средней дальности BAe Dynamics Rb 71 Sky Flash и УР малой дальности Rb 24J (AIM-9J) Sidewinder. На смену последней со временем пришла УР Rb 74 (AIM-9L).

JA 37 также вооружен встроенной 30-мм пушкой Oerlikon КСА револьверного типа (смещена к левому борту), боекомплект к пушке — 150 снарядов. В состав вооружения JA 37 Mod D введены УР Rb 99 (AIM-120) AMRAAM — Швеция первая из стран, не входящих в блок НАТО, получила такие ракеты. Изначально JA 37 был способен наносить удары по наземным целям неуправляемыми ракетами — предусматривалась подвеска до четырех шестизарядных блоков НАР М70 калибра 135 мм, что использовалось на практике крайне редко.

Самолеты AJ и AJS Viggen способны применять для поражения наземных целей различные УР «воздух—поверхность», включая разработанные в Швеции ракеты Rb 04 и Rb 05, а также УР AGM-65 Maverick. Основным противокорабельным оружием модификации AJS 37 (Mod 11/12) стала ракета RBS 15F, изначально разработанная для береговых комплексов и оснащенная французским ТРДД Microturbo TRI-60-3. Дальность полета ракеты — 90 км. Ракета оснащена активной радиолокационной системой наведения, на начальном и среднем участке траектории используется инерциальная навигационная система, в системе управления реализован принцип «выпустил и забыл».

Для поражения наземных целей также возможно использование блоков НАР М70 (до четырех), бомб М63 FFV (120 кг, до 16 штук) и бомб калибра 250, 500 или 600 кг. Предусмотрена возможность подвески на Viggen двух контейнеров с 30-мм пушками. Начиная с Mod 11/12 вариант AJS 37 Viggen способен нести планирующую кассетную бомбу ВК 90 Mjolner. Эта бомба подвешивается на центральный подфюзеляжный узел, из-за чего становится невозможной подвеска дополнительного ПТБ.