На разведчиках вместо переднего бомбоотсека установили дополнительные топливные баки, демонтировали воздушные тормоза и бомбодержатели под крылом. Камеры были установлены в обогреваемом отсеке в центре фюзеляжа, в нижней части которого сделали окна для съемки. Построили несколько предсерийных D-0, за которыми последовал первый основной серийный вариант D-2.

На нем вновь установили подкрыльевые держатели, позволявшие брать подвесные топливные баки при выполнении дальних полетов. Вариант для жаркого климата, самолет D-2/Trops, позднее получил обозначение D-4.

На D-2 устанавливались двигатели Jumo 211В-1, G-1 или Н-1, но когда появились моторы Jumo 211 J-1, завод переключился на выпуск модификации Ju 88D-1, отличавшейся от предшественника только форсированной силовой установкой. Варианты для жаркого климата производились под обозначением D-1/Trop и D-3.
Разведчики сохранили экипаж из четырех человек, но их оборо­нительное вооружение сократилось до трех пулеметов MG 15. На большинстве D-1 и D-2 были установлены две камеры: высотная Rb 50/30 к маловысотная Rb 20/30.

На трех D-2 устанавливались три камеры, и такой вариант стал стандартом для модификации Ju 88D-5, выпускавшейся параллельно с D-1. Были построены около 1500 единиц Ju 88D, широко использовавшихся на всех ТВД. Помимо Люфтваффе они состояли на вооружении ВВС Венгрии и Румынии. Весной 1944 года на смену Ju 88D пришла модификация Ju 88Т — разведывательный вариант Ju 88S, у которого отсутствовала подфюзеляжная гондола. Небольшое число Ju 88Т использовалось до конца войны.

Самым необычным разведыва­тельным вариантом был самолет Ju 88Н-1 с экипажем из трех человек, у которого крыло от истребителя Ju 88G-1 (вместе с радиальными двигателями BMW 801) сочеталось с фюзеляжем Ju 88D-1, оснащенным тремя камерами. Фюзеляж был удлинен, что позволило разместить в нем дополнительное количество топлива и увеличить дальность полета машины до 5150 км.

В носовой части была установлена РЛС FuG 200 Hohentwiel, а подфюзеляжную гондолу заменили компактным обтекателем, закрывавшим стрелковую установку из двух неподвижных 7,92-мм пулеметов WT 81Z. Десять построенных самолетов использовались для разведки над Атлантикой. Было построено такое же количество Ju 88Н-2 — варианта Zerstorer, у которого вместо РЛС были установлены шесть 20-мм пушек MG 151.